Het Paleis van de Inquisiteur was de zetel van de Maltese Inquisitie van 1574 tot 1798 en werd oorspronkelijk in de 16de eeuw gebouwd als een gerechtsgebouw bekend als de Castellania. Â Het bleef in gebruik als gerechtsgebouw tot 1572.
Vervolgens werd in 1574 de Inquisitie opgericht in Malta met als eerste Inquisiteur Pietro Dusina.  Grootmeester Jean de la Cassière bood de voormalige Castellania aan als zijn officiële residentie en na een renovatie werd dit het hoofdkwartier van de Inquisitie met een paleis voor de Inquisiteur, huisvesting voor het tribunaal en gevangenissen.
Tussen de late 16de en 18de eeuw werden door verschillende Inquisiteurs wijzigingen aangebracht zodat het gebouw geleidelijk aan werd omgetoverd tot een typische Romeinse palazzo met een symmetrische gevel door pijlers verdeeld in vijf traveeën en enkele barokinvloeden.  De eerste grote renovatie begon in de jaren 1630 onder Inquisiteur Fabio Chigi (de latere paus Alexander VII).  In 1660 werd de gevel herbouwd.  Verdere reparaties en verbouwingswerken werden uitgevoerd na de aardbeving van 1693, in 1707, in de loop van de 17de en 18de eeuw en de trap werd in 1733 gebouwd.  Door alle reparaties en verbouwingen lijkt het geheel soms op een labyrint.
Bezienswaardig in het paleis is zeker het enige overblijfsel van het oorspronkelijke gebouw met name het binnenplein met de mooie kruisgewelven en hoge gladde muren en de cellengangen die een beklemmende indruk achterlaten.
De rechtszaal links naast de trap is toegankelijk via een hele lage toegang die bewust zo laag werd gehouden. Â Op die manier moesten de “zondaars” buigen zodat ze meteen een respectvolle houding aannamen tegenover de Inquisiteur. Opvallend is dat niets erop wijst dat er in het paleis ook mensen daadwerkelijk werden terechtgesteld. Â Anders dan in Spanje lag het doel hier eerder op het “heropvoeden” van de veroordeelden dan op het uitroeien van ketterij. Â Verder is het paleis ingericht als etnografisch museum.
Tijdens de Franse bezetting van Malta in 1798 werd de Inquisitie afgeschaft en werd het paleis gebruikt voor andere doeleinden waaronder een militair hospitaal, een kantine en een klooster. Â Toen Malta in 1800 werd overgenomen door de Britten werd het gebouw overgedragen aan de militaire autoriteiten die in de loop van de 19de eeuw opnieuw wijzigingen aanbrachten in het gebouw.
In 1926 werd het paleis doorgegeven aan de afdeling Musea en werd een uitgebreide renovatie doorgevoerd.
In 1942 werd het paleis omgebouwd tot een tijdelijk Dominicaans klooster nadat hun klooster en kerk waren vernietigd door de luchtbombardementen tijdens de tweede wereldoorlog. Â Het paleis overleefde de bombardementen echter en werd terug overgedragen aan de afdeling Musea nadat in 1954 de Dominicanen hun klooster hadden heropgebouwd.
Sinds 1966 is het paleis een museum en in 1981 werd de bovenverdieping een Folkloremuseum.
Het gebouw is één van de weinig overgebleven paleizen van zijn soort in de wereld en de enige die open is voor het publiek.
(Op de fotopagina kunt u nog andere foto’s bekijken van Malta)